V aquaponii lze chovat mnoho druhů ryb. Je potřeba aby si farmář vybral jen druhy, které se mezi sebou dobře snášejí, nekonkurují si a hlavně ty, které rychle rostou. Také je potřeba, aby farmář využil naše doporučení, neboť nějaké ryby jsou méně náchylné a nějaké ryby jsou více náchylné na kvalitu vody, popřípadě na obsah kyslíku ve vodě. Každý druh jinak snáší podmínky v aquaponii a proto doporučujeme jednotlivé druhy v nádrži nemíchat. Zajistí to větší pohodu ryb a menší úmrtnost. Díky oteplené vodě a pravidelnému podávání potravy ryby v aquaponii rostou mnohem rychleji než v rybnících. Některé druhy dokážou vyrůst z plůdku ke konzumaci již za 4 – 5 měsíců.
SUMEČEK AFRICKÝ
Nejvhodnější ryba do aquaponie. Miluje teplou vodu a roste obrovskou rychlostí. Maso sumečka je velice dobré. Filety tvoří polovinu váhy ryby. Sumeček dýchá vzdušný kyslík a proto je velice vhodný pro někoho, kdo se nemůže rybám intenzivně věnovat.
KAPR OBECNÝ
Nenáročný a velice rychle roste. Z ekonomického hlediska se ale v aquaponii moc nevyplatí.
ÚHOŘ ŘÍČNÍ
Nenáročný ale pomalu roste. Z ekonomického hlediska je ale ryba velice dobrá.
TILÁPIE NILSKÁ
Další velice vhodná ryba do aquaponie. Nejen že rychle roste a dobře chutná, ale ještě je nenáročná na kyslík a proto je vhodná pro začínající aquaponisty.
